Οι επαγγελματίες υγείας θα πρέπει να ενημερώνουν τους γονείς όχι μόνο για τα οφέλη του μητρικού θηλασμού, αλλά και για τους κινδύνους από τη χορήγηση τροποποιημένου γάλακτος αγελάδος.
Σύμφωνα με τον Παγκόσμιο Οργανισμό Υγείας, τα βρέφη που δε θηλάζουν απαιτούν ιδιαίτερη προσοχή από τους επαγγελματίες υγείας. Οι κίνδυνοι από τη χρήση υποκατάστατων μητρικού γάλακτος μπορεί να αφορούν τις βραχυπρόθεσμες επιπτώσεις π.χ. λοιμώξεις από μικρόβια ή τις μακροπρόθεσμες επιπτώσεις π.χ. αυξημένη συχνότητα εμφάνισης αλλεργιών, σακχαρώδη διαβήτη.
Το γάλα αγελάδος σε σκόνη δεν αποτελεί στείρο προϊόν. Έχουν αναφερθεί περιπτώσεις λοίμωξης βρεφών από βακτήρια όπως, Cronobacter sakazakii ή Enterobacter sakazakii, Solmonella enterίca, αλλά και Clostridium botulinum, τα οποία έχουν βρεθεί ακόμη και σε κλειστές συσκευασίες σκόνης γάλακτος. Η επιμόλυνση των προϊόντων αυτών και ο πολλαπλασιασμός των μικροβίων είναι δυνατόν να γίνουν είτε κατά την παρασκευή, είτε κατά τη φύλαξη του τροποποιημένου γάλακτος. Για το λόγο αυτό η UNICEF και ο WΗΟ έχουν εκδώσει ειδικές οδηγίες παρασκευής και φύλαξης του γάλακτος σε σκόνη.
Εκτός των μικροβίων, έχουν βρεθεί στα τροποποιημένα γάλατα διάφορες χημικές ουσίες επιβλαβείς για τον οργανισμό, όπως διοξίνες, δισφαινόλη Α, μελαμίνη κ.α. Οι ουσίες αυτές μπορεί να βρίσκονται τόσο στο ίδιο το γάλα όσο και στις συσκευασίες φύλαξής του, στα μπουκάλια σίτισης, στις θηλές και αλλού. Για το λόγο αυτό, κατά περιόδους γίνονται ανακλήσεις διαφόρων προϊόντων από τις εταιρίες παραγωγής γαλάτων και άλλων βρεφικών τροφών. Χαρακτηριστικό παράδειγμα είναι η μόλυνση με μελαμίνη υποκατάστατων γάλακτος στην Κίνα. Η μελαμίνη είναι ένα συνθετικό προϊόν, το οποίο βρίσκεται σε πολλά βιομηχανικά είδη. Η εταιρεία παραγωγής του βρεφικού γάλακτος, τη χρησιμοποίησε για να αυξήσει την περιεκτικότητα του γάλακτος σε πρωτεΐνη. Στα τέλη του 2008 αναφερθήκαν περίπου 300.000 περιπτώσεις βρεφών που κατανάλωσαν μολυσμένο με μελαμίνη γάλα. Από αυτά πολλά νοσηλεύτηκαν, ενώ αναφέρθηκαν 6 θάνατοι. Λόγω μη ικανότητας μεταβολισμού της μελαμίνης από το ανθρώπινο είδος, τα βρέφη παρουσίασαν οξεία νεφρική ανεπάρκεια και λίθους στα νεφρά.
Πρόσθετα, η λήψη υποκατάστατων μητρικού yάλακτος στερεί από το βρέφος πολύτιμους ανοσολογικούς παράγοντες, που συνεισφέρουν στην άμυνα του βρέφους και στην ισορροπία του ανοσοποιητικού του συστήματος. Τα βρέφη που σιτίζονται με τροποποιημένο γάλα αγελάδος έχουν αυξημένο κίνδυνο νόσησης ειδικά τον πρώτο χρόνο ζωής. Τα ειδικά IgA αντισώματα, που παράγει η μητέρα σε απάντηση των αντιγόνων του περιβάλλοντός της, αλλά και άλλοι αμυντικοί παράγοντες όπως τα ολιγοσακχαρίδια και οι γλυκοπρωτεΐνες λείπουν. Έτσι εξηγείται η μεγαλύτερη ευαισθησία σε λοιμώξεις του αναπνευστικού και του γαστρεντερικού. Ειδικά στα πρόωρα, η συχνότητα της νεκρωτικής εντεροκολίτιδας είναι σαφώς μεγαλύτερη στα βρέφη που σιτίζονται με ξένο γάλα. Αυτό συμβαίνει λόγω μειωμένης άμυνας, λόγω έκθεσης του εντέρου σε ένα γάλα βασισμένο σε πρωτεΐνη αγελαδινού γάλακτος, αλλά και λόγω έλλειψης των προστατευτικών ανοσολογικών παραγόντων του μητρικού γάλακτος.
Η σίτιση των πρώτων ημερών με μητρικά γάλα συμβάλει στην ανοσορρύθμιση. Η έκθεση του εντέρου στο μητρικό γάλα προάγει τη διαφοροποίηση των Th1 λεμφοκυττάρων, σε σχέση με τα Th2 λεμφοκύτταρα. Αυτό οδηγεί σε μια «στροφή» του ανοσοποιητικού συστήματος προ σε ένα λιγότερο ατοπικό μονοπάτι. Αντίθετα, η σίτιση με ξένο γάλα οδηγεί σε μια ανισορροπία υπέρ των Τ2 κυττάρων και σε αυξημένη πιθανότητα εμφάνισης ατοπίας στα μη θηλάζοντα βρέφη.
Η διαφορετική σύσταση του γάλακτος αλλά και το διαφορετικό μοτίβο σίτισης των βρεφών που λαμβάνουν ξένο γάλα (προγραμματισμένα και σε συγκεκριμένη ποσότητα γεύματα) έχουν ενοχοποιηθεί για την αυξημένη πρόσληψη βάρους κατά τον πρώτο χρόνο ζωής και τον μακροπρόθεσμο κίνδυνο εμφάνισης σακχαρώδους διαβήτη τύπου 2. Μεγαλύτερη είναι και η πιθανότητα εμφάνισης σακχαρώδους διαβήτη τύπου 1, πιθανώς λόγω πρώιμης έκθεσης στη β-λακταλβουμίνη του αγελαδινού γάλακτος. Στα βρέφη που σιτίζονται με ξένο γάλα έχει επίσης παρατηρηθεί αυξημένο ποσοστό αιφνίδιου βρεφικού θανάτου, αλλά και αυξημένο ποσοστό λευχαιμίας.
Η σίτιση με τροποποιημένο γάλα αγελάδος εμπεριέχει κινδύνους όχι μόνο για το βρέφος αλλά και για την μητέρα. Οι μητέρες που δε θηλάζουν αντιμετωπίζουν μεγαλύτερο κίνδυνο καρκίνου του στήθους και των ωοθηκών, αλλά και μεγαλύτερη συχνότητα μεταβολικού συνδρόμου και καρδιαγγειακών παθήσεων.
Ιδιαίτερα αρνητική είναι η επίδραση της τεχνητής σίτισης και στο φυσικό περιβάλλον. Η παραγωγή, συσκευασία, διανομή και παρασκευή του ξένου γάλακτος συνεπάγεται μεγάλη κατανάλωση ενέργειας με ταυτόχρονη εκπομπή ρύπων και δημιουργία μεγάλων ποσοτήτων απορριμμάτων. Αντίθετα το μητρικό γάλα αποτελεί φιλικότερη για το περιβάλλον τροφή.